データテーブルを行列として読み込む方法

Question

このコードは、式セット（http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc/ExpressionSetIntroduction.pdf）を作成するためのBioconductorビネットから直接取得します。

> exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
       + row.names = 1, 
       + as.is=TRUE)) 

誰でもこのコードが次のエラーメッセージを生成する理由を伝えることはできますか？

> exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
+      row.names = 1, 
Error: unexpected '=' in: 
"exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
       + row.names =" 
>      + as.is=TRUE)) 
Error: unexpected ')' in "      + as.is=TRUE)" 

または、exprsFileファイルをヘッダー付きの行列として読み込む別の方法を提案できますか？

ありがとうございます。

Answer 1

Sweaveを使用してバイオベースのビニングが（ほぼ確実に）生成されます。 >と先頭の+は、単一の式が複数の行に分割されており、Sweaveを使用しています。それはあなたが

exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
        row.names = 1, 
        as.is=TRUE)) 

knitr（動くはずです）。次に入った場合は、端末/コンソール（Rセッションが）持っているSweaveに代わるもので、デフォルトで、ビネットのために許可されている（見てだろうか反映しますこれらの記号を削除すると、コードはより直接的にコピー＆ペースト可能です。