どのようにR

Question

のデフォルトのソフトウェアのパスを設定または変更するには、私は「bowtie2」と呼ばれるプログラムを持っていると私は、端末にデフォルトのパスを変更：

$export PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin 
$bowtie2 --version 
/opt/NGS/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s version 2.2.8 

しかし、私はRからそれを呼び出したときにそれはまだ古いバージョンを表示しています他のパスから：

> bowtie2="bowtie2" 
> system2(bowtie2,"--version",stdout=TRUE)[1] 
[1] "/usr/bin/bowtie2-align version 2.1.0" 

私の質問は、バージョンが「/opt/NGS/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-sバージョン2.2になるように、（Rプログラムのデフォルトのパスを変更する方法です.8 "ではなく"/usr/bin/bowtie2-alignバージョン2.1.0 "）

Answer 1

ホームフォルダの.bashrc（linux）または.bash_profile（mac）ファイルの末尾にexport PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbinを追加する必要があります。

vi ~/.bash_profile 

エクスポートコマンドをファイルの末尾に追加します。それ以外の場合は、現在のシェルセッションでのみ機能します。 Rでsystemコマンドを使用すると、新しいシェルセッションが起動します。このシェルセッションはexportコマンドには適用されません。

this link to find out more about export command