Pythonのコマンドラインで後で使用できる一連の数値を生成する方法はありますか？

Question

私がしたいことは、入力としていくつかのファイルを取得し、それらのコマンドを実行するスクリプトを書くことです！私はまず、どれくらいのファイルがユーザーに与えられているのかを知りたいと思って、アップロードするよう依頼して、後でそれについてコマンドを実行したい。 私はこのコマンドを使用しました：for cnt in seq 19 2 31同様の状況で長時間前ですが、今はこのコマンドを使用するとシンセシスエラーが発生します！ これは私のCOMANDです：

readnumber= raw_input("How many pares do you have?") 
for cnt in `seq 1 1 int(readnumber)`; do 
    pare$cnt-a = raw_input("filename of pare$cnt-a: ") 
    pare$cnt-b = raw_input("filename of pare$cnt-b: ") 
    cmd = "samtools merge pare$cnt.bam pare$cnt-a pare$cnt-b" 

そして、これは私が取得エラーです：

>   for cnt in 'seq 1 1 int(readnumber)'; do 
>           ^
>  SyntaxError: invalid syntax 

ので、私はあなたがしてreadnumber = 3を入れて、それはアップロードをお願いする場合されexpext何（または入力を）これは：

pare1-a: 
pare1-b: 
pare2-a: 
pare2-b: 
pare3-a: 
pare3-b: 

これで私のコマンドを実行します！

Answer 1

は、おそらくこのような何かをしたい：

pairs = int(raw_input("How many pairs do you have?")) 
for pair_n in xrange(1, pairs + 1): 
    file1 = raw_input("pair%d-a: " % pair_n) 
    file2 = raw_input("pair%d-b: " % pair_n) 
    cmd = "samtools merge pair%d.bam '%s' '%s'" % (pair_n, file1, file2) 
    # os.system(cmd) to run the command. 

Answer 2

あなたはPythonプログラムでbash構文を使用しようとしています。彼らは異なる言語です。たとえば、seqコマンドはxrange(...)コマンドでなければなりません。また、Pythonの可変構文ではなく、bash変数構文$somevarも使用しています。

だから、bashを使うか、Pythonを使うのですが、混じってマッチさせないでください。

また、ユーザーにコマンドラインでファイル名を入力させるのではなく、コマンドラインでそのファイル名を指定させることを検討してください。それは後でビルディングブロックとしてスクリプトをより便利にします。

Answer 3

あなたはPythonをbashスクリプトと混在させているようです。 raw_inputはPythonですが、スクリプト内のその他のものはすべてbashです。

Pythonですべてのものを書き直そうとするのではなく、おそらくraw_inputの代わりにreadコマンドでbashを使用する必要があるようです。

Answer 4

あなたのfor -lineことではないのPythonコード、それはbash -shellsで使用のための文です。

何がやりたいことは、このにするためにライン書き換えるようにされています。また、あなたは彼らがあまりにもbashの構文であるため、同様に他の行を書き換える必要があります

for cnt in range(1, readnumber): 

。