ランダム効果を有する一方向ANOVAの事後検定

Question

私は連続応答変数yldとカテゴリープレディラーcheck（3つのレベル）を持っています。私は、一方向ANOVAと事後検定を行って、どのレベルがお互いに異なるかを調べました。

mdl<-aov(sqrt(var$yld) ~ var$check); summary(mdl);TukeyHSD(mdl) 

       Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
var$check  2 5162 2581.2 13.51 1.46e-06 *** 
Residuals 2775 530395 191.1      

Tukey multiple comparisons of means 
95% family-wise confidence level 

Fit: aov(formula = sqrt(var$yld) ~ var$check) 

$`var$check` 

     diff  lwr  upr  p adj 
NC-LC -3.-4.529649 -1.494991 0.0000101 
RC-LC -2.8330205 -4.348031 -1.318010 0.0000358 
RC-NC 0.1792991 -1.310563 1.669161 0.9570495 

は今、このデータは複数のサイトに渡って収集されたので、私は私のランダムな効果としてsite.codeを使用したいです。

library(lme4) 
mdl1<-lmer(sqrt(yld) ~ check + (1 | site.code),data=var) 
summary(mdl1) 

これは私の異なる出力を与えるが、最も重要なのは次のとおりです。

Fixed effects: 
     Estimate Std. Error t value 
(Intercept) 50.7267  1.3028 38.94 
checkNC  -2.7075  0.5449 -4.97 
checkRC  -2.5048  0.5441 -4.60 

interceptをチェックする方法NCとRCがintercept異なっているとしてそれはLCレベルとなります。

1）なぜ、この出力はNCと切片とRC比較mdl1 2）の出力にここに表示された何p-valueありません：私は2つの質問があります。すべてのレベルのペアワイズ比較を行うためのポストホライズンはありますか？ここで

おかげ

Answer 1

は解決

install.packages("multcomp");library(multcomp) 
summary(glht(mdl1, linfct=mcp(check="Tukey")))