文字列キーでソートしてから整数でソートする（bash）

Question

事前にアドバイスをお願いします。

ファイルをタブ区切りのフィールドでソートしようとしています（下記参照）。重要なフィールドはフィールド1とフィールド2です。

ID（文字列値でソートされます）、次に大きい文字列（数値でソートされた文字列）で始まる位置です。

KI270036.1 5137 5523 -1 
KI270036.1 5215 5636 -1 
**KI270036.1 546  1448 -1** 
KI270036.1 6364 7425 -1 
KI270036.1 8687 9529 -1 
KI270041.1 1957 2343 1 
KI270041.1 3114 3423 1 
KI270041.1 4792 5439 1 
KI270041.1 5703 6308 1 

これは、並べ替えようとしているテーブルの例です。最初のフィールドは必要に応じて順番に並んでいますが、ボールド体のフィールドは私の仕様に従って順不同です。

私が入力したコマンドをした

sort -g -t '  ' -k 1,2 my_file.txt 

がどのように私はIDごとにグループ化されたレコードを達成するために、これを変更することができ、その後、2番目のフィールドで数値的にソートされましたか？

私は、この例で探しています出力は次のとおりです。

**KI270036.1 546  1448 -1** 
KI270036.1 5137 5523 -1 
KI270036.1 5215 5636 -1 
KI270036.1 6364 7425 -1 
KI270036.1 8687 9529 -1 
KI270041.1 1957 2343 1 
KI270041.1 3114 3423 1 
KI270041.1 4792 5439 1 
KI270041.1 5703 6308 1 

Answer 1

複数のキーを定義することができます。最初のフィールドは固定サイズのフォーマットなので特別なフラグは必要ありません（レキシカルソートは問題ありません）。あなたは「フィールド1とフィールド2」によって

KI270036.1 546  1448 -1 
KI270036.1 5137 5523 -1 
KI270036.1 5215 5636 -1 
KI270036.1 6364 7425 -1 
KI270036.1 8687 9529 -1 
KI270041.1 1957 2343 1 
KI270041.1 3114 3423 1 
KI270041.1 4792 5439 1 
KI270041.1 5703 6308 1 

Answer 2

第二の安定ソートでsort 2回通過を行います

$ sort my_file.txt | sort -g -s -k 2 
**KI270036.1 546  1448 -1** 
KI270041.1 1957 2343 1 
KI270041.1 3114 3423 1 
KI270041.1 4792 5439 1 
KI270036.1 5137 5523 -1 
KI270036.1 5215 5636 -1 
KI270041.1 5703 6308 1 
KI270036.1 6364 7425 -1 
KI270036.1 8687 9529 -1 

あるいは、

$ sort -g -s -k 2 my_file.txt | sort -s 
**KI270036.1 546  1448 -1** 
KI270036.1 5137 5523 -1 
KI270036.1 5215 5636 -1 
KI270036.1 6364 7425 -1 
KI270036.1 8687 9529 -1 
KI270041.1 1957 2343 1 
KI270041.1 3114 3423 1 
KI270041.1 4792 5439 1 
KI270041.1 5703 6308 1 

プライマリソートキーに依存します（出力例がなく、あいまいです...）