3つのカラムを持つトランジションプロットの作成

Question

私は、複数のクラス（この例では3クラス）のデータを持っていますが、遺伝子型、早期表現型および後期表現型ステージの3つの時点に基づいてクラスが異なります。ここで

はサンプルデータです：

genotype<-cbind(c(rep("A",100),rep("B",100),rep("C",100))) 
early_phenotype<-cbind(c(rep("A",75),rep("B",75),rep("C",75),rep("A",75))) 
late_phenotype<-cbind(c(rep("A",50),rep("B",100),rep("C",100),rep("A",50))) 
df<-cbind(genotype,early_phenotype,late_phenotype) 
df<-as.data.frame(df) 
colnames(df)<-c("genotype","early_phenotype","late_phenotype") 

私は一般的に「移行プロット」と呼ばれるものを生成したいと思います。私が得ている最も近いがこれです：

library(Gmisc) 
transitionPlot(table(df[,1:2]), txt_start_clr = "black", txt_end_clr = "black", fill_start_box = "white", fill_end_box = "white") 

...このプロット作成され：

をしかし、私はこのプロットは持っていないという二つのことを達成しようとしています：

1. を

   私は3つ以上の列、この例では3つの列：遺伝子型、早期表現型、および後期表現型を必要とします。この例では、（私はないRに、Photoshopでこれを達成し） 代わりに2つのボックスを接続異なる重みを有する単一の矢印の

2. 、私はむしろジッタ/透明性を有する複数の矢印を有するであろう。このようになります。各矢印は、個々の観測を表すことになり、そしてこのようなものと思われる場所：

任意の提案を？

P.S.私は本当にボックスのカーブしたエッジや派手なシャドウについては気にしません。

Answer 1

1. 私は、私はむしろ、複数の矢印

を持つことになり、この例では3つの列の代わりに2つの ボックスを接続する異なる重みを持つ単一の矢印の

、以上の2つの列をしたいです

igraphを試してみてください：

m <- sapply(1:3, function(x) paste0(df[, x], x)) 
el <- rbind(m[, 1:2], m[, 2:3]) 
library(igraph) 
g <- graph_from_edgelist(el) 
coords <- layout.norm(t(sapply(strsplit(V(g)$name, ""), function(x) as.numeric(c(-match(x[1], LETTERS), x[2]))))) 
plot(g, layout=coords[, 2:1])