BSgenomeのデータ読み込みの問題があります。

BSgenomeがインストールされているようですが、ライブラリを読み込めません。以下のコードはBiostringsパッケージに含まれていますBSgenomeのデータ読み込みの問題があります。

 > require(BSgenome) 
    > require(Biostrings)  
    > library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 
    Error in library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) : 
     there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3' 
    > subject <- Dmelanogaster$chr3R 
    Error: object 'Dmelanogaster' not found 
    > Lpattern <- "AGCTCCGAG" 
    > Rpattern <- "TTGTTCACA" 
    > matchLRPatterns(Lpattern, Rpattern, 500, subject) # 1 match 
    Error in function (classes, fdef, mtable) : 
     unable to find an inherited method for function "matchLRPatterns", for signature "standardGeneric"

私はあなたの助けに感謝します。あなたのコンピュータでこれがあなたのために働くかどうか試してみることができますか？潜在的な問題になる可能性があります。ローマLustrikへ

出典

2011-09-17 jon

は、この手順を試したことがありますか？ http://www.bioconductor.org/packages/2.7/data/annotation/html/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.html –

Roman Lustrikのおかげで、次のコードが動作します： source（ "http：//www.bioconductor .ORG/biocLite.R "） biocLite（" BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3" ）ライブラリ（BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3）対象< - Dmelanogaster $ chr3R Lpattern < - "AGCTCCGAG" Rpattern < - "TTGTTCACA" matchLRPatterns（Lpattern、Rpattern、500、件名）＃1の一致 – jon

2人のうちの1人が回答を投稿して、これが "未回答"のままでないようにしてください。 –

おかげで、次のコードは動作します：

source("bioconductor.org/biocLite.R";) 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3") 
library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 
subject <- Dmelanogaster$chr3R 
Lpattern <- "AGCTCCGAG" 
Rpattern <- "TTGTTCACA" 
matchLRPatterns(Lpattern, 
Rpattern, 500, subject) # 1 match

出典

2011-09-18 00:13:30 SHRram

スコアカウンターの下の左にある灰色のチェック（緑色に変わります）をクリックすると、これを正解とマークできます。 –

BSgenomeのデータ読み込みの問題があります。

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