2次元C配列をpythonに渡すnumpy

Question

C配列をPythonに渡す（numpy）には助けが必要です。 2倍のNumRows x NumInputsの2次元配列を持っていますが、それはPyArray_SimpleNewFromDataが正しく変換されないようです - デバッガはあまりポインタを表示しないので見えにくいです。

2次元配列を渡す正しい方法は何でしょうか？

int NumRows = X_test.size(); 
int NumInputs = X_test_row.size(); 

double **X_test2 = new double*[NumRows]; 
for(int i = 0; i < NumRows; ++i) 
{ 
    X_test2[i] = new double[NumInputs]; 
} 


for(int r = 0; r < NumRows; ++r) 
{ 
    for(int c = 0; c < NumInputs; ++c) 
    { 
     X_test2[r][c] = X_test[r][c]; 
    } 
} 




const char *ScriptFName = "100-ABN-PREDICT"; 
char *FunctionName=NULL; 

FunctionName="PredictGBC_DBG"; 

npy_intp Dims[2]; 
Dims[0]= NumRows; 
Dims[1] = NumInputs; 

PyObject *ArgsArray; 
PyObject *pName, *pModule, *pDict, *pFunc, *pValue, *pArgs; 

int row, col, rows, cols, size, type; 

const double* outArray; 
double ArrayItem; 

//=================== 

Py_Initialize(); 

pName = PyBytes_FromString(ScriptFName); 

pModule = PyImport_ImportModule(ScriptFName); 

if (pModule != NULL) 
{ 
    import_array(); // Required for the C-API 

    ArgsArray = PyArray_SimpleNewFromData (2, Dims, NPY_DOUBLE, X_test2);//SOMETHING WRONG 

    pDict = PyModule_GetDict(pModule); 

    pArgs = PyTuple_New (1); 
    PyTuple_SetItem (pArgs, 0, ArgsArray); 

    pFunc = PyDict_GetItemString(pDict, FunctionName); 

    if (pFunc && PyCallable_Check(pFunc)) 
    { 

     pValue = PyObject_CallObject(pFunc, pArgs);//CRASHING HERE 

     if (pValue != NULL) 
     { 
      rows = PyArray_DIM(pValue, 0); 
      cols = PyArray_DIM(pValue, 1); 
      size = PyArray_SIZE(pValue); 
      type = PyArray_TYPE(pValue); 


      // get direct access to the array data 
      //PyObject* m_obj; 
      outArray = static_cast<const double*>(PyArray_DATA(pValue)); 


      for (row=0; row < rows; row++) 
      { 
       ArrayItem = outArray[row]; 
       y_pred.push_back(ArrayItem); 
      } 

     } 
     else 
     { 
      y_pred.push_back(EMPTY_VAL); 
     } 
    } 
    else 
    { 
     PyErr_Print(); 
    }//pFunc && PyCallable_Check(pFunc) 



}//(pModule!=NULL 
else 
{ 
    PyErr_SetString(PyExc_TypeError, "Cannot call function ?!"); 
    PyErr_Print(); 
} 




Py_DECREF(pValue); 
Py_DECREF(pFunc); 

Py_DECREF(ArgsArray); 
Py_DECREF(pModule); 
Py_DECREF(pName); 


Py_Finalize(); 

Answer 1

データを連続したメモリブロックにコピーする必要があります。 2次元配列を表現するために、numpyは1次元配列へのポインタ配列を使いません。 Numpyは、配列が（デフォルトで）row major orderという連続したメモリブロックに格納されることを期待しています。

PyArray_SimpleNew(...)を使用して配列を作成すると、numpyによってメモリが割り当てられます。たとえば、std::memcpyまたはstd::copyをループ上のループで使用して、X_test2をこの配列にコピーする必要があります。

この変更、次のとおりです。このような何かに

ArgsArray = PyArray_SimpleNewFromData (2, Dims, NPY_DOUBLE, X_test2);//SOMETHING WRONG 

を：

// PyArray_SimpleNew allocates the memory needed for the array. 
ArgsArray = PyArray_SimpleNew(2, Dims, NPY_DOUBLE); 

// The pointer to the array data is accessed using PyArray_DATA() 
double *p = (double *) PyArray_DATA(ArgsArray); 

// Copy the data from the "array of arrays" to the contiguous numpy array. 
for (int k = 0; k < NumRows; ++k) { 
    memcpy(p, X_test2[k], sizeof(double) * NumInputs); 
    p += NumInputs; 
} 

（それはX_test2のように見えるX_testのコピーであるので、あなたは上記のコードへの変更する場合がありますX_testからnumpyの配列に直接コピーしてください）