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PygraphvizをMacでPython3と連携させようとしていますが、TypeErrorを解決できません。Pygraphviz/Python3/Mac：TypeError
具体的には、次のコードの出力（のpython3 /エクリプスネオン/ MacOSの10.10.5、hereから適合チュートリアル）
import networkx as nx
import queueing_tool as qt
import pygraphviz as pgv
a = pgv.AGraph()
print(a._get_prog('fdp'))
g = qt.generate_random_graph(200, seed=3)
q = qt.QueueNetwork(g, seed=3)
q.max_agents = 20000
q.initialize(100)
q.simulate(10000)
pos = nx.nx_agraph.graphviz_layout(g.to_undirected(), prog='neato')
は、次のエラーである。
/usr/local/bin/fdp //<-- this shows that Eclipse finds 'fdp' after adding /usr/local/bin to $PATH, ERROR in the following:
Traceback (most recent call last):
File "/Users/flurin/Documents/workspace/pedQN/main.py", line 14, in <module>
pos = nx.nx_agraph.graphviz_layout(g.to_undirected(), prog='neato')
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 228, in graphviz_layout
return pygraphviz_layout(G,prog=prog,root=root,args=args)
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/networkx/drawing/nx_agraph.py", line 262, in pygraphviz_layout
A.layout(prog=prog,args=args)
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1358, in layout
data = self._run_prog(prog, ' '.join([args, "-T", fmt]))
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1338, in _run_prog
warnings.warn(b"".join(errors), RuntimeWarning)
TypeError: cannot use a string pattern on a bytes-like object
Iを実行する場合Python 2.7.xを使った同じコード（ 'print arg'を 'print arg'に変更するだけで済みます）私は次のような出力を得ました（警告が出ますが、動作します）：
/usr/local/bin/fdp
/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pygraphviz/agraph.py:1338: RuntimeWarning: Warning: node 0, position [ 5.50797903 7.08147823], expected two floats
Warning: node 12, position [ 5.44649018 7.80314765], expected two floats
[... here other warnings of the same kind]
Warning: Overlap value "prism" unsupported - ignored
warnings.warn(b"".join(errors), RuntimeWarning)
私の質問は、pygraphvizをPython3でも動作させるにはどうしたらいいですか？私はどこを見るか分かりません。ターミナルやEclipseから上記のコードを実行したときのエラーには違いがないことに注意してください。
Python3との非互換性はありますか？私は数年前に "科学的な目的"のためにPython2.xを使う方が良いかもしれないと言われたことを覚えています。これは今の場合ですか？
ご協力いただきありがとうございます。
Aricの答えを見てください。 – Joel
また、このエラーは、コードによってランタイム警告が生成された場合にのみ発生します。私はランタイム警告の原因を解決しました。これで私のスクリプトは上記のエラーなしで完了しました。 –