未使用の接続をクローズする際のRの警告メッセージを抑制する方法は？

Question

私は以下のif文をRに書いています。うまくいきますが、私は1）完全に理解していない2）はではないという厄介な警告メッセージがあります。 1に関しては:-)

）：それは何

を意味し、 "警告メッセージ：クローズ未使用の接続3"

そして、何数（3）は、この文脈で意味があります？ グーグルが私にいくつかのポインタ（How to fix error "closing unused connection"とWarning: closing unused connection n）を見つけましたが、うまくいかないようですが、私は知っています。私は間違って何をしていますか？ 以下は私のコードです。

ありがとうございます！

サンダー

filetype = summary(file(opt$datagwas))$class 

if(filetype == "gzfile"){ 
    cat("\n* The file appears to be gzipped, checking delimiter now...") 
    TESTDELIMITER = readLines(opt$datagwas, n = 1) 
    cat("\n* Data header looks like this:\n") 
    print(TESTDELIMITER) 
    if(grepl(",", TESTDELIMITER) == TRUE){ 
    cat("\n* Data is comma-seperated, loading...\n") 
    GWASDATA_RAW = fread(paste0("zcat < ",opt$datagwas), 
    header = TRUE, sep = ",", dec = ".", 
    na.strings = c("", "NA", "na", "Na", "NaN", 
    "Nan", ".","N/A","n/a", "N/a"), 
    blank.lines.skip = TRUE) 
    } else { 
    cat ("\n\n*** ERROR *** Something is rotten in the City of Gotham. The GWAS data is neither comma, tab, space, nor semicolon delimited. Double  back, please.\n\n", file=stderr()) # print error messages to stder 
    } 
    } else if(filetype != "gzfile") { 
    cat("\n* The file appears not to be gezipped, checking delimiter  now...") 
    TESTDELIMITER = readLines(opt$datagwas, n = 1) 
    cat("\n* Data header looks like this:\n") 
    print(TESTDELIMITER) 
    if(grepl(",", TESTDELIMITER) == TRUE){ 
    cat("\n* Data is comma-seperated, loading...\n") 
    GWASDATA_RAW = fread(opt$datagwas, 
    header = TRUE, sep = ",",dec = ".", 
    na.strings = c("", "NA", "na", "Na","NaN", 
    "Nan", ".","N/A","n/a","N/a"), 
    blank.lines.skip = TRUE) 
    } else { 
    cat ("\n\n*** ERROR *** Something is rotten in the City of Gotham. The  GWAS data is neither comma, tab, space, nor semicolon delimited. Double  back, please.\n\n", file=stderr()) # print error messages to stder 
    } 
    } else { 
    cat ("\n\n*** ERROR *** Something is rotten in the City of Gotham. We  can't determine the file type of the GWAS data. Double back, please.\n\n",  file=stderr()) # print error messages to stder 
    } 
closeAllConnections() 

Answer 1

あなたがすべきことは、ファイルを一度開き、その接続を変数として保存することです。その後、あなたがそれを使用し終えたら、自分で接続を閉じます。

# Open it 
conn <- file(opt$datagwas) 

# Extract the information you need 
filetype <- summary(conn)$class 
TESTDELIMITER <- readLines(conn, n = 1) 

# Then close it 
close(conn) 

# Continue with if-clause, fread, etc as before 

あなたのアプローチは、この特定のケースを解決する可能性があります。しかし、他のケースでは、おそらくパフォーマンスの問題やクラッシュにつながる、それらを正しく認識しないことで、数千から数百万の未閉鎖の接続を生成している可能性があります。

Answer 2

私は、必要な変更を行っ@mpjdemに感謝します。

datagwas_connection <- file(opt$datagwas)

filetype <- summary(datagwas_connection)$class

TESTDELIMITER <- readLines(datagwas_connection, n = 1)

close(datagwas_connection)

if(filetype == "gzfile"){ cat("\n* The file appears to be gzipped, checking delimiter now...") cat("\n* Data header looks like this:\n") print(TESTDELIMITER) if(grepl(",", TESTDELIMITER) == TRUE){などなどなど（コードの残りの部分）

これは魔法のように動作します。再度、感謝します！