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A
答えて
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私が問題としていたのは、リポジトリからファイルを削除していたのですが、作業ツリーは削除していませんでした。答えは
repo.index.remove([file_to_delete],working_tree = True]
working_tree引数がないと、ファイルはリポジトリに存在しなくても作業ツリーに残っています。
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