Rのサンプルあたり2つのDNAStringSetシーケンスを連結する方法は？

Question

私は2つのLarge DNAStringSetオブジェクトを持っています。それぞれに2805のエントリがあり、それぞれの長さは201です。単純に結合したいので、それぞれがこのサイズなので2805のエントリを持っていますが、オブジェクト、両方の組み合わせ

私は1127610個の要素を持つ単一のLarge DNAStringオブジェクトを作成し、これは私が欲しいものではありません、この

s12 <- c(unlist(s1), unlist(s2)) 

しかしを実行しようとしました。私は単なるサンプルごとに組み合わせたいと思う。

EDIT：s1とs2という名前の私のDNASTringSetオブジェクトで

各エントリに、このような形式があります：あなたの目標は、各リスト要素があるリストを返すことがある場合は

width seq 
[1] 201 CCATCCCAGGGGTGATGCCAAGTGATTCCA...CTAACTCTGGGGTAATGTCCTGCAGCCGG 

Answer 1

を各リスト要素の長さが402である長さ2805のリストで拘束された元のリストから対応するリスト要素を連結すると、Mapでこれを達成できます。ここでは、小さなペアのリストを使用した例を示します。

# set up the lists 
set.seed(1234) 
list.a <- list(a=1:5, b=letters[1:5], c=rnorm(5)) 
list.b <- list(a=6:10, b=letters[6:10], c=rnorm(5)) 

各リストはMapとcでリスト位置によってリストを連結し、今の長さ5のベクトルで3つの要素が含まれています

Map(c, list.a, list.b) 
$a 
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 

$b 
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" 

$c 
[1] -1.2070657 0.2774292 1.0844412 -2.3456977 0.4291247 0.5060559 
    -0.5747400 -0.5466319 -0.5644520 -0.8900378 

あなたの問題のためにあなたがそれを説明してきたように、あなたは

s12 <- Map(c, s1, s2) 

Mapの最初の引数を使用することで何をすべきかを伝えますMap機能ですあなたが与えたリスト項目。これらのリスト項目の上にはaとbがあり、例ではs1とs2です。

Answer 2

各DNAStringSetを文字に変換できます。例えば：

library(Biostrings) 
set1 <- DNAStringSet(c("GCT", "GTA", "ACGT")) 
set2 <- DNAStringSet(c("GTC", "ACGT", "GTA")) 

as.character(set1) 
as.character(set2) 

その後DNAStringSetにそれらを一緒に貼り付けます。

DNAStringSet(paste0(as.character(set1), as.character(set2)))