2016-07-15 85 views
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エラーバーと重要度付きの棒グラフをプロットしようとしています。重要なことを除いてすべてがうまくいっています。スターは、奇妙に見えるエラーバーに落ちています。意義星を個別に調整することは可能ですか?ありがとう。ggplot2にエラーバーが表示された棒グラフ

Rコード

dat <- read.delim("read_count1", header=T) 
dat2 <- dat 
dat2$condition <- factor(dat2$condition) 
dat2$star <- "" 
dat2$star[dat$p == .001] <- "*" 
dat2$star[dat$p == 0.0001] <- "**" 

ggplot(dat2, aes(x=group, y=value, fill=condition)) + 
geom_bar(colour="black", stat="identity", position=position_dodge(), 
     size=.3,width=.5) +       # Thinner lines 
xlab("Condition") + ylab("Viral transcript count") + # Set axis labels 
theme_bw() + 
theme(legend.position=c(0.85, .9), legend.direction = "vertical", 
     legend.key.size = unit(4, 'lines'), legend.title=element_blank()) + 
theme(axis.text = element_text(size=8), axis.title = element_text(size=8,face="bold")) + 
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) + 
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd, ymax=value+sd), 
       width = 0.2,       # Width of the error bars 
       position = position_dodge(-.5)) + 
geom_text(aes(label=star), colour="red", vjust=0, size=5, position=position_dodge(.5)) + 
scale_y_continuous(expand=c(0,0), limits = c(0, 13536400))+ 
scale_x_discrete("Viral gene") 

マイデータ

condition value sd group p 
1h 968738.666666667 131475.799527264 Capsid protein 
1h 340500.666666667 48855.1227235521 Nucleic acid binding protein 
1h 604250.666666667 100141.322860912 Triple gene block p1  
1h 293140.333333333 48797.8510831505 Triple gene block p2  
1h 91655.3333333333 20761.7967992497 Triple gene block p3  
1h 3615029.33333333 635586.634090376 Replication polyprotein 
4h 2787724 245341.698797819 Capsid protein 0.001 
4h 971762.666666667 99832.8035483995 Nucleic acid binding protein 0.001 
4h 2017158.33333333 107557.964732201 Triple gene block p1 0.0001 
4h 949650 50649.2672306323 Triple gene block p2 0.0001 
4h 286073.666666667 8140.5804051882 Triple gene block p3 0.0001 
4h 11525318.6666667 1425912.09504525 Replication polyprotein 0.001 

enter image description here

+1

読みやすくするためにデータをdput()できますか? – BarkleyBG

+0

私が最初に思ったのは、y軸の上限を大きくすると、アスタリスクが望むようにエラーバーの上に収まることがあります。 (凡例を右上から左上に移動したい場合もあります) – BarkleyBG

+3

テキストのy位置を 'value'にマッピングしています。代わりに 'value + sd'にマップすると、バーの上部ではなく、エラーバーの上限ですべての星から始めます。 – aosmith

答えて

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プレイスY位置をマッピングすることによってではなく、バーの頂部よりもエラーバーの上部にあるテキストレイヤーvalue + sdとしてgeom_text内にある。

geom_text(aes(y = value + sd, label = star),...) 
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