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Flexは、複数の入力バッファを作成して切り替えるためのメカニズムを提供します。入力バッファは、yy_creat_bufferを使用して作成され、yy_switch_bufferを使用して入力ストリームを切り替えることができます。Lex yacc変更バッファ
問題はlexがそのようなソリューションを実装していないことです。
あなたは、LEXには同様のソリューションを不幸によりin the Flex manual