2つのスクリプトの2つのファイルを1つのスクリプトと比較する

Question

2つのファイルを比較するための2つのスクリプトがあります。

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$3]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2 

2番目のスクリプト$ 2カラムに比較します：

> awk -v OFS="\t" 'NR==FNR{a[$2]=$4;next}{$2=$2 "\t"(a[$2]?a[$2]:"-")}1' file1 file2 

をあなたは私がそう1つのスクリプトに書きたいと思い違い
NR==FNR{a[$3]=$4;next}と
NR==FNR{a[$2]=$4;next}と
を参照してください

最初のスクリプトは$ 3カラムを比較します何かのように

NR==FNR{a[$2 || $3]=$4}

お手伝いできますか？ あなたが望むならば、私はファイルやその他の情報を共有することができます。

INPUT： ファイル1

chr1 11796320 11796321 MTHFR 
chr1 169549810 169549811 F5 
chr1 173917077 173917078 SERPINC1 
chr2 48962781 48962782 FSHR 
chr4 121696961 121696962 ANXA5 
chr4 121697010 121697011 ANXA5 
chr4 121697036 121697037 ANXA5 
chr4 121697055 121697056 ANXA5 
chr11 46739504 46739505 F2 
chr13 20189510 20189511 GJB2 
chr13 20189546 20189547 GJB2 

File2の

chr1 11796321 G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 C 0 WILD ADP=3 

OUTPUT：

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3 

Answer 1

awkレスキュー！

$ awk 'NR==FNR{f2[$2]=f3[$3]=$4;next} 
       {k=$2; suf=((k in f2)?f2[k]:((k in f3)?f3[k]:"-")); 
       $2=k "\t" suf}1' file{1,2} 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189546 GJB2 AC A INDEL ADP=164 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3 

Answer 2

別awk（$4を含めるように編集）多分：

awk 'FNR==NR{A[$3]=$1 FS $3 FS $4;next} ($2 in A){print A[$2],$3,$4,$5,$6}' file1 file2 

chr1 11796321 MTHFR G 0 WILD ADP=1026 
chr1 169549811 F5 C 0 WILD ADP=940 
chr1 173917078 SERPINC1 C 0 WILD ADP=501 
chr2 48962782 FSHR C T HET ADP=1665 
chr4 121696962 ANXA5 C T HET ADP=212 
chr4 121697011 ANXA5 A 0 WILD ADP=184 
chr4 121697037 ANXA5 T 0 WILD ADP=111 
chr4 121697037 ANXA5 tccc 0 INDEL AINDEL 
chr4 121697056 ANXA5 C 0 WILD ADP=112 
chr11 46739505 F2 G 0 WILD ADP=202 
chr13 20189511 GJB2 C 0 WILD ADP=326 
chr13 20189547 GJB2 C 0 WILD ADP=3