Rでクラスタプロットを作成するには？

Question

clustplotを使用せずにRでクラスタプロットを作成するにはどうすればよいですか？

私はいくつかのクラスタリング（Rを使用）と視覚化（HTML5 Canvasを使用）を手に入れようとしています。

基本的には、私はcluster plotを作成したいが、データをプロットするのではなく、キャンバスに引っ張って何かをすることができる2D点または座標のセットを取得したい。（しかし、これを行う）。私は私がいることを想像：

1. は、データセット全体のために（使用DIST）
2. クラスタの類似度行列を作成関数kmeansまたは類似のもの（使用して関数kmeans）
3. プロットMDSまたはPCAを使用して結果を用いて類似度行列 - しかし、ステップ2と3がどのように関連しているかはわかりません（cmdscale）。

私は（ほとんどの使用の最後の1である）の質問here、hereとhereをチェックアウトしました。

Answer 1

これはどういう意味ですか？ 申し訳ありませんが、私はHTML5 Canvasについては何も知らないのですが、私はそれが役に立ちそうです...

最初に私はkmeansを使ってデータをクラスタリングします。 cmdletを使ってそれをプロットします。次に、kmeansによって識別されたグループに対応する色をMDSプロットに追加します。いくつかの素晴らしいグラフィカルな機能を追加しました。

cmdscaleで作成したオブジェクトから座標にアクセスできます。ここで

### some sample data 
require(vegan) 
data(dune) 

# kmeans 
kclus <- kmeans(dune,centers= 4, iter.max=1000, nstart=10000) 

# distance matrix 
dune_dist <- dist(dune) 

# Multidimensional scaling 
cmd <- cmdscale(dune_dist) 

# plot MDS, with colors by groups from kmeans 
groups <- levels(factor(kclus$cluster)) 
ordiplot(cmd, type = "n") 
cols <- c("steelblue", "darkred", "darkgreen", "pink") 
for(i in seq_along(groups)){ 
    points(cmd[factor(kclus$cluster) == groups[i], ], col = cols[i], pch = 16) 
} 

# add spider and hull 
ordispider(cmd, factor(kclus$cluster), label = TRUE) 
ordihull(cmd, factor(kclus$cluster), lty = "dotted") 

Answer 2

あなたは "clusplot" のパッケージ内に、 "プロット座標"、クラスタの結果を分析するための1つのグラフを見つけることができます。

PCAに基づいていません。ファンクションスケールを使用して、すべての変数が0〜1の範囲にあることを意味するので、どのクラスタが各変数の最大/最小平均を保持しているかを比較できます。

install.packages("devtools") ## To be able to download packages from github 
library(devtools) 
install_github("pablo14/clusplus") 
library(clusplus) 

## Create k-means model with 3 clusters 
fit_mtcars=kmeans(mtcars,3) 

## Call the function 
plot_clus_coord(fit_mtcars, mtcars) 

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