SummarySE関数からの出版準備表サマリー表R

Question

平均±標準誤差のサマリー表を作成しようとしています。これまでのところ、SummarySE関数からmean列とse列を抽出することができましたが、現在は固まっており、列名と行名を取得する方法がわかりません。

データ：

structure(list(TREATMENT = c("A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", 
"C", "C", "D", "D", "D", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", 
"C", "D", "D", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", "C", "D", 
"D"), TIME = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2), `Species 1` = c(1.64963636363636, 
1.6574, 1.58190909090909, 1.6365, 1.75075, 1.83825, 2.247, 1.95557142857143, 
2.35236363636364, 1.82253333333333, 1.37785714285714, 1.37892857142857, 
2.952125, 3.33311111111111, 3.0967, 3.3912, 3.89709090909091, 
3.51207692307692, 6.6176, 8.41072727272727, 7.3625, 7.19133333333333, 
4.88216666666667, 4.770625, 28.371125, 6.8786, 4.10457142857143, 
13.232, 8.66828571428571, 14.6534615384615, 51.7823333333333, 
42.5318333333333, 20.2263333333333, 13.396), `Species 2` = c(2.36021428571429, 
2.30930769230769, 3.01018181818182, 2.0195, 1.97107142857143, 
2.07614285714286, 1.85307142857143, 2.2695, 2.29286666666667, 
1.9504375, 1.95207142857143, 2.2144375, 2.57385714285714, 2.865, 
2.92928571428571, 2.8453, 2.63855555555556, 4.15657142857143, 
2.807375, 3.554, 6.12177777777778, 2.65541666666667, 3.7972, 
1.285, 4.755, 4.271, 2.5925, 2.83158333333333, 4.638, 16.8010833333333, 
13.1841666666667, 20.418, 3.24075, 3.0115), `Species 3` = c(2.1960625, 
2.28214285714286, 3.05583333333333, 2.16986666666667, 2.06655, 
2.54166666666667, 1.81271428571429, 1.89566666666667, 2.3227, 
2.80616666666667, 2.05, 1.97592857142857, 3.44611111111111, 1.745, 
2.9208, 4.6525, 3.89709090909091, 2.69244444444444, 2.7464, 5.93042857142857, 
5.18888888888889, 3.8943125, 4.054, 6.11511111111111, 2.518125, 
5.2216, 5.16908333333333, 2.59, 2.55716666666667, 9.12085714285714, 
31.5835714285714, 17.227, 5.98033333333333, 5.21509090909091), 
`Species 4` = c(2.00981818181818, 2.7604, 3.5535, 2.39085714285714, 
3.00138888888889, 2.835, 2.25311111111111, 3.00791666666667, 
2.55933333333333, 2.13933333333333, 2.331, 2.94761111111111, 
3.66525, 7.304125, 3.14788888888889, 7.37175, 5.1192, 4.46957142857143, 
2.73258333333333, 15.4874166666667, 5.9237, 4.81615384615384, 
3.7743, 8.0213, 28.192, 17.6561111111111, 17.3084375, 7.81390909090909, 
3.849, 9.618, 53.8383, 10.2361111111111, 17.9905454545455, 
5.6655)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-34L), .Names = c("TREATMENT", "TIME", "Species 1", "Species 2", 
"Species 3", "Species 4")) 

試み：

library(Rmisc) 
library(Reshape2) 

melt <- melt(example, id=c("TREATMENT", "TIME"), value.name="growth", variable.name = "Species") 

x <- summarySE(melt, measurevar = "growth", groupvars = c("TIME", "TREATMENT", "Species")) 

xmean<-signif(x[,5],digits=3) 

xse<-signif(x[,7],digits=3) 

x<-paste(xmean,xse,sep=" \u00b1 ") 

x 

が生成されます、そのようなことはよう

私はこれについて長い道のりをつもりだ気持ちを持って

[1] "1.63 ± 0.024" "2.56 ± 0.226" "2.51 ± 0.273" "2.77 ± 0.446" "1.74 ± 0.0584" "2.02 ± 0.0304" "2.26 ± 0.144" 

ありパブリッシュ可能なテーブルを作成するパッケージ？ ggplot2のテーブルバージョンのようなもの。私は何かを見つけることができない。

Answer 1

うーん、私はあなたが要約しているものを理解できないようです。私はあなただけのデータフレームでそれをラップし、各メジャーに列名を付けることができ、Rmiscパッケージを持っていますが、あなたが取得している答えを仮定することは正しいません。

d=data.frame(summary=x, row.names=colnames(example)[3:ncol(example)]) 

あなた、たとえば、場合

   summary 
Species.1 1.852 ± 0.28 
Species.2 2.24 ± 0.338 
Species.3 2.26 ± 0.371 
Species.4 2.708 ± 0.465 

EDIT：種によって要約すると次のようになりましたsummarySE出力はすでにデータフレームであるので、あなただけの、その後どのようにそれを再構築、データあなたが望むような方法をフォーマットする新しい列を作成する必要がありますあなたは最後にそれを見たいと思う。

x$summary = paste(round(x$growth, 3), "\u00b1", round(x$se, 3)) 
dcast(x, TIME+TREATMENT~Species, value.var='summary') 

出力：

TIME TREATMENT  Species 1  Species 2  Species 3  Species 4 
1  0   A 1.63 ± 0.024 2.56 ± 0.226 2.511 ± 0.273 2.775 ± 0.446 
2  0   B 1.742 ± 0.058 2.022 ± 0.03 2.259 ± 0.144 2.742 ± 0.182 
3  0   C 2.185 ± 0.119 2.138 ± 0.143 2.01 ± 0.158 2.607 ± 0.219 
4  0   D 1.526 ± 0.148 2.039 ± 0.088 2.277 ± 0.265 2.473 ± 0.244 
5  1   A 3.127 ± 0.111 2.789 ± 0.109 2.704 ± 0.503 4.706 ± 1.308 
6  1   B  3.6 ± 0.153 3.213 ± 0.475 3.747 ± 0.571 5.654 ± 0.879 
7  1   C 7.464 ± 0.52 4.161 ± 1.004 4.622 ± 0.962 8.048 ± 3.832 
8  1   D 6.037 ± 1.155 3.226 ± 0.571 3.974 ± 0.08 4.295 ± 0.521 
9  2   A 13.34 ± 7.54 3.437 ± 1.085 4.618 ± 1.081 17.956 ± 5.825 
10 2   B 8.668 ± 2.635 3.354 ± 0.646 3.439 ± 0.865 9.657 ± 3.993 
11 2   C 36.323 ± 11.159 16.801 ± 2.088 19.31 ± 6.568 24.564 ± 14.638 
12 2   D 16.811 ± 3.415 3.126 ± 0.115 5.598 ± 0.383 11.828 ± 6.163