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私はPython領域では新しいですが、私はいくつかのDNA配列を整列するためにbiopythonを使いたいと思います。 （〜私のホームパスの略です）私は、インターネットからスクリプトを持って、次のように私はそれを実行しました：biopythonからの筋肉0以外のリターンコード137
>>> muscle_cline()
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/opt/python3.5/lib/python3.5/site-packages/Bio/Application/__init__.py",
line 516, in __call__
stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 137 from
'/usr/bin/muscle -in "/home/gigiux/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester.fasta" -out "/home/gigiux/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"', message 'MUSCLE v3.8.31 by
Robert C. Edgar'
>>>
問題がどうなるか：
~$ python
Python 3.5.1 (default, Jul 3 2016, 12:57:35)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_exe = r"/usr/bin/muscle"
>>> in_file = r"~/SpiderOak Hive/LAB/Lab book/Ery/Seqs/tester.fasta"
>>> out_file = "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)
>>> print(muscle_cline)
/usr/bin/muscle -in "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester.fasta" -out "~/SpiderOak Hive/LAB/Lab
book/Ery/Seqs/tester_aligned.fasta"
が、私が得たアプリケーションをlauchingとき？私はそれがメモリの問題のためかもしれないということをインターネット上で見てきました。その場合、コードはOKですか？どうすれば大きな整列を実行できますか？
また、なぜ単に "パス"ではなく "パス"を使うべきですか？
多くのおかげで、
ルイージ
'r'path''質問はhttp://stackoverflow.com/questions/19065115/python-windows-path-slashです - あなたは尋ねる前にgoogleしましたか？ – tripleee
エラーメッセージには、 '/ usr/bin/muscle'が失敗したことが明確に記載されています。これはあなたのPythonコードには問題ありません（無効な前提を含んでいるかもしれませんが）。それが失敗する理由を理解するために 'muscle'のドキュメントを参照してください。失敗したコードにアクセスすることができなければ、何が正しいか間違っているかを知る方法がありません。 – tripleee