スキーマが両方のデータベースと一致する場合は、2番目のDataContextインスタンスを作成するだけで済みます(2番目の接続文字列を引数として渡すことができます)。 LINQ to SQLは、 "正しい"データベースを使用しているかどうかは決してチェックしません。もしそれが正しく動作するテーブルの&テーブルを持っているならば。
ただし、LINQは複数のデータベースを「スマート」に自動的に処理しないため、複数のデータソースを含む操作を行う前に、コンテンツをメモリにダウンロードする必要があります。これを行うには、単一のLINQクエリを使用することはできますが、メモリデータで実行中の部分については注意が必要です。 (ところで、 "ToList"のような拡張メソッドを使って明示的に言うことができます - この時点でデータベースからデータを取得する)。
IDがある場合を除いてテーブルがほぼ同一であるとも言われています。これは、プライマリ/外部キーが異なることを意味しますか?その場合、自動生成された関係の中には動作しないものがあります。異なる列名がある場合は、生成されたスキーマを手動で編集して両方の列を含むようにし、次に正しい列のみを使用することができます。しかし、これはちょっと奇妙に思えます。スキーマを手動で編集する予定がない限り、非常によく似た2つのスキーマを生成できます。