部分的な距離ベースのRDA - CentroidsがPlotから消えた

Question

サンプルの繰り返し測定文字を修正するためにfield.IDで部分的なdb-RDAを完成させようとしています。しかし、Condition（field.ID）を含めると、プロットからの主な関心要因の重心の消滅につながります（下の左のプロット）。

デザイン：12フィールドを繰り返し、2年連続で、種のデータのためにサンプリングされています。さらに、毎年、参照フィールドからの3つのサンプルがサンプリングされています。これらの3つのフィールドは、旧フィールドが使用できないために2年目に変更されました。 さらにいくつかの環境変数がサンプリングされています（窒素、土壌水分、温度）。すべてのフィールドには識別子（field.ID）があります。 field.IDをConditionとして使用すると、F1要因が誤って削除されているようです。ただし、サンプリングキャンペーン（SC）を条件として使用することはできません。後者は、部分的なdb-RDAの繰り返し測定を修正するための厳格な方法ですか？

set.seed（1234）

df.exp <- data.frame(field.ID = factor(c(1:12,13,14,15,1:12,16,17,18)), 
        SC = factor(rep(c(1,2), each=15)), 
        F1 = factor(rep(rep(c("A","B","C","D","E"),each=3),2)), 
        Nitrogen = rnorm(30,mean=0.16, sd=0.07), 
        Temp = rnorm(30,mean=13.5, sd=3.9), 
        Moist = rnorm(30,mean=19.4, sd=5.8)) 

df.rsp <- data.frame(Spec1 = rpois(30, 5), 
        Spec2 = rpois(30,1), 
        Spec3 = rpois(30,4.5), 
        Spec4 = rpois(30,3), 
        Spec5 = rpois(30,7), 
        Spec6 = rpois(30,7), 
        Spec7 = rpois(30,5)) 

data=cbind(df.exp, df.rsp)     



dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(SC), df.exp); ordiplot(dbRDA) 
dbRDA <- capscale(df.rsp ~ F1 + Nitrogen + Temp + Moist + Condition(field.ID), df.exp); ordiplot(dbRDA) 

Answer 1

あなたうち一部の変動IDによると、あなたはこのIDに変数エイリアスを説明しようと、それはもう出partialledました。

Some constraints were aliased because they were collinear (redundant) 

そして、あなたは、詳細はお問い合わせ時に確かに、あなたは

> alias(dbRDA, names=TRUE) 
[1] "F1B" "F1C" "F1D" "F1E" 

F1?変数がすでに出てpartialledたID以内に一定で取得し、何も：印刷出力の主要行は、このでした説明するために残された。