ループ内のテキストファイル "ブロック"から行を抽出する方法

私は巨大なテキストファイルを持っており、テキストファイルのいくつかの "ブロック"が別のファイルに存在するかどうかをgrepで検索したい。だから、私はこれらのブロックを最初に抽出する必要があります。ループ内のテキストファイル "ブロック"から行を抽出する方法

これが私のファイルです：

>gi|60117238|gb|AY897435.1| Wolbachia endosymbiont of Drosophila mojavensis, genomic survey sequence 
TCTGTTGCGAGTGTGCTGATAACTACTGAATCTATGATAGTTGATGTACCAAGCAAAGAAAATGCTTCATCTCCTATGGG 
TGCAGGAGAAATGAGTGGCATGGGTGGATTCTAAGTAGAATGAAACCGTGGAGCAATTGCTCCACGGTAGTTCCAAAAAA 
TCTCACATTTTACTATTCGTTAAAGGTAATACGTTTGGTGCAGAAATGCACTACTGTTTGCATCCGTTTCGCTCCTTTAT 
ATTGTGGTTGTCTAATAACAAAAAGGCAGCATAAGAAAACTATAACACCTAGTATATTTATACTATAGCTGACCCAAGCA 
ACACGTCATACCGCGATTCATTCCACAACTGTACGAACATTACAATATGGCACATAGTAAACGATGTCATGAAAGTAGCT 
GACACTGGAATTCAGAAAAAAGGATTATGTCATTCCAGTGCTTGACACTGGAATCCAGCATTTCCATAATCATCAAAACA 
TTGTATTTTAACAAAAAACATGTATTTTTATGCTTGCCAACTTAATAAAATTCCTGGATCCCAGTGTCAAGCACTGGGAT 
GACAC 
>gi|60117239|gb|AY897436.1| Wolbachia endosymbiont of Drosophila mojavensis, genomic survey sequence 
TTTTCATCGCTCATGTCCTTAGTTTACCCCCTGTTTCACCATTACATTAATATCTACAGAACCTCCCACTGGGGAGTAGT 
AATCTAGGATAGTTTCTATCACTAAAACGCGTGGTATTCCTTTATTTTTTACCAATTTTAAATAAGACAATACCTTATTA 
TCATCATAATGCTGCAGAAAGCGGCAAAAGACACCTAATTCATAATTTGTAGCTGATAATTCTTCTTGAGTTATGAGTTT 
AATTTTTAAATCTTCTACTGCCTGCCTAGGCACTTTATGTTCGTTGTAATAATATAAGCCTATAGAACCTTTATTGTGTA 
TATCAGAATAAGCAAGAAATAAAGAGTGTACGCCAAATAGCAATATATTTTTAGCACCATCTATATTAACCCTAGAATTA 
AACTCTTTAGTGTCAAACCTGGAATATCCTAGCAATGCTTGGTAAAACGCTATTTTCCTGTCTTCTGATGTTTCTTTCTC 
CTTAAAAAGAATCAAATGAAAATATTGACTCCTGCCTTAAAATATCCGGCATTTTTAACCAATTCTTTTCAGCGGCAACC 
CTTGCCCACATTGCTGCTGCTTTAGGAAAAATGGTATTTCTTTAAACACTTACCTTTTGATGAAAGTTGCCCAAAATCCT 
TTGTTCTATCCGAATCCAAAACCCCTATTTCCCAAACGCCCCTTAAAACCTTTTTTAAAATTGGAACAAAAAATATTTAA 
TTTTTAAAAAAAAACG 
>gi|60117240|gb|AY897437.1| Wolbachia endosymbiont of Drosophila mojavensis, genomic survey sequence 
TTGNCCATCAATTGGCCACCAGAAAAGTTGCGTCCGTTTACTTCTACACCATGTATAAATGCACCTAAAATCATGCCTTG 
GCAAAATGCAGCACCAAGTGACCCAAAATGAAAGGCATAATCCCATAATCGCCTGTATTTTCCTTCTGCCTTAAAACGAA 
ACTCAAAGGATACTCCGCGCACTATAAGGCCAAGCAGCATAATAATGATTGGAATATAAAAAGCAGGCATTAATATTGAA 
TATGCAAGAGGAAAAGCAGCAAACAACCCTCCACCACCTAGTACCAACCATGTTTCGTTTCCATCCCAAAATGGTGCAAT 
TGAGCTTATCATGTGATCACGGCATTTATCTGACGGTGCAAAAGGAAGTAAAATACCAATACCTAAATCAAACCCATCCA 
TTAAAATATACAGTAAAACAGCTATGGCAATTAGTAATCCCCAGATTAGGGGTAAATTAATTAAGGAAGAAAAATCAAAC 
ATGATTGTTGTCCTTTCCAGATGTACCAGCATCAATCACTGAAGCTCCAATACCGTGTTTATAAAATTGCTCTTCTTCTT 
TAATGACAGGAATTCCTTTGTATATAAGTTTCAGAATATAGTATCTACCTGCTCCAAATATAAGGGTATACATAAACGAT 
AAATGCAATCAAAGACCATGCAACCTGAGGACCGGTAATCGCAGATGAAAATGATTCAATTGTGCCGTTAATTCCATATA 
CAGTGTAAAGTTGACGGCCAATTTCATAGTAAACCAAACTGCAAGTAACGCTATGGACCCCGACGGCATCTTTGAAATCC 
ACAATCCTTTGAAAACACAACTTTGGAATAATTTGCCCCGAAAAATACTGAAAAAAAATTTACTGGACCCATTTTGGATT 
ATTAAAATTTCAACTCCAACCATTTATACGGG

ブロックは>から次> befor文字に開始されます。

ので、第一ブロックは次のとおりです。

TCTGTTGCGAGTGTGCTGATAACTACTGAATCTATGATAGTTGATGTACCAAGCAAAGAAAATGCTTCATCTCCTATGGG 
TGCAGGAGAAATGAGTGGCATGGGTGGATTCTAAGTAGAATGAAACCGTGGAGCAATTGCTCCACGGTAGTTCCAAAAAA 
TCTCACATTTTACTATTCGTTAAAGGTAATACGTTTGGTGCAGAAATGCACTACTGTTTGCATCCGTTTCGCTCCTTTAT 
ATTGTGGTTGTCTAATAACAAAAAGGCAGCATAAGAAAACTATAACACCTAGTATATTTATACTATAGCTGACCCAAGCA 
ACACGTCATACCGCGATTCATTCCACAACTGTACGAACATTACAATATGGCACATAGTAAACGATGTCATGAAAGTAGCT 
GACACTGGAATTCAGAAAAAAGGATTATGTCATTCCAGTGCTTGACACTGGAATCCAGCATTTCCATAATCATCAAAACA 
TTGTATTTTAACAAAAAACATGTATTTTTATGCTTGCCAACTTAATAAAATTCCTGGATCCCAGTGTCAAGCACTGGGAT 
GACAC

第二ブロックは次のとおりです。

TTTTCATCGCTCATGTCCTTAGTTTACCCCCTGTTTCACCATTACATTAATATCTACAGAACCTCCCACTGGGGAGTAGT 
AATCTAGGATAGTTTCTATCACTAAAACGCGTGGTATTCCTTTATTTTTTACCAATTTTAAATAAGACAATACCTTATTA 
TCATCATAATGCTGCAGAAAGCGGCAAAAGACACCTAATTCATAATTTGTAGCTGATAATTCTTCTTGAGTTATGAGTTT 
AATTTTTAAATCTTCTACTGCCTGCCTAGGCACTTTATGTTCGTTGTAATAATATAAGCCTATAGAACCTTTATTGTGTA 
TATCAGAATAAGCAAGAAATAAAGAGTGTACGCCAAATAGCAATATATTTTTAGCACCATCTATATTAACCCTAGAATTA 
AACTCTTTAGTGTCAAACCTGGAATATCCTAGCAATGCTTGGTAAAACGCTATTTTCCTGTCTTCTGATGTTTCTTTCTC 
CTTAAAAAGAATCAAATGAAAATATTGACTCCTGCCTTAAAATATCCGGCATTTTTAACCAATTCTTTTCAGCGGCAACC 
CTTGCCCACATTGCTGCTGCTTTAGGAAAAATGGTATTTCTTTAAACACTTACCTTTTGATGAAAGTTGCCCAAAATCCT 
TTGTTCTATCCGAATCCAAAACCCCTATTTCCCAAACGCCCCTTAAAACCTTTTTTAAAATTGGAACAAAAAATATTTAA 
TTTTTAAAAAAAAACG

第3ブロック：

TTGNCCATCAATTGGCCACCAGAAAAGTTGCGTCCGTTTACTTCTACACCATGTATAAATGCACCTAAAATCATGCCTTG 
GCAAAATGCAGCACCAAGTGACCCAAAATGAAAGGCATAATCCCATAATCGCCTGTATTTTCCTTCTGCCTTAAAACGAA 
ACTCAAAGGATACTCCGCGCACTATAAGGCCAAGCAGCATAATAATGATTGGAATATAAAAAGCAGGCATTAATATTGAA 
TATGCAAGAGGAAAAGCAGCAAACAACCCTCCACCACCTAGTACCAACCATGTTTCGTTTCCATCCCAAAATGGTGCAAT 
TGAGCTTATCATGTGATCACGGCATTTATCTGACGGTGCAAAAGGAAGTAAAATACCAATACCTAAATCAAACCCATCCA 
TTAAAATATACAGTAAAACAGCTATGGCAATTAGTAATCCCCAGATTAGGGGTAAATTAATTAAGGAAGAAAAATCAAAC 
ATGATTGTTGTCCTTTCCAGATGTACCAGCATCAATCACTGAAGCTCCAATACCGTGTTTATAAAATTGCTCTTCTTCTT 
TAATGACAGGAATTCCTTTGTATATAAGTTTCAGAATATAGTATCTACCTGCTCCAAATATAAGGGTATACATAAACGAT 
AAATGCAATCAAAGACCATGCAACCTGAGGACCGGTAATCGCAGATGAAAATGATTCAATTGTGCCGTTAATTCCATATA 
CAGTGTAAAGTTGACGGCCAATTTCATAGTAAACCAAACTGCAAGTAACGCTATGGACCCCGACGGCATCTTTGAAATCC 
ACAATCCTTTGAAAACACAACTTTGGAATAATTTGCCCCGAAAAATACTGAAAAAAAATTTACTGGACCCATTTTGGATT 
ATTAAAATTTCAACTCCAACCATTTATACGGG

どのようにループ私のファイルとそれぞれに一つのブロックを抽出することができます繰り返し？他のファイルでgrepするには？

編集1：より明確にするため

：

私は、各ブロックの上にいくつかの操作をしたいです。まず、2つのファイル間でdiffを実行しますが、結果は新しいファイルになります。ブロックを含む新しいファイルについては、各ブロックが最初のファイルか2番目のファイルに含まれているかどうかを調べたいと思う。最初のファイルに含まれている場合は、別の新しいファイルに展開します。それが2番目のファイルに含まれている場合、私はエスケープして次のブロックに行きたい。

あなたは私の要点を得ることを願っています。

ありがとう、

出典

2016-03-31 Alaa

「ファイル」に「>」と表示されていますか？ – POW

@ POW（gi）が出現するたびに前にあります – Alaa

ブロックごとに別々のファイルを作成しますか？そして、あなたはそれらのファイルに対してどんな操作をしたいですか？または、各ループ反復でブロックごとにいくつかの操作（検索/ grep）をしたいだけですか？あなたの要件を明確にしてください。

出典

2016-04-01 07:34:44

各ブロックで何らかの操作を行いたいです。まず、2つのファイル間でdiffを実行しますが、結果は新しいファイルになります。ブロックを含む新しいファイルについては、各ブロックが最初のファイルか2番目のファイルに含まれているかどうかを調べたいと思う。最初のファイルに含まれている場合は、別の新しいファイルに展開します。それが2番目のファイルに含まれている場合、私はエスケープして次のブロックに行きたい。 – Alaa

私は明らかにuを得ていませんでした。私がur endから得たのは以下の通りです：あなたは、テキストブロックを特定しているいくつかの特殊文字（> gi）を含む膨大な量のテキストデータを含むテキストファイルを持っています。特殊文字セット（> gi）を使用して区切ってから最初のファイルから取得したブロックを検索し、最後に2番目のファイルにマッチしたブロックを別のファイルに抽出してブロックを残したい場合は、最初のファイルの2番目のファイルには存在しません。 –

ループ内のテキストファイル "ブロック"から行を抽出する方法

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